Qu'avez-vous dans le ventre ?
Le Microbiote intestinal
Mise en place du microbiote intestinal chez le nourrisson et son développement au cours de sa vie :
Stérile in utéro, le microbiote d’un nourrisson se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale et intestinale (via les selles parfois expulsées) de la mère lorsque le bébé naît par voie naturelle, ou au contact des micro-organismes de la peau après un accouchement par césarienne. Cette étape est cruciale. Ensuite, s’il est nourri au sein, il ingère un peu de microbiote cutané, et peut recevoir à travers le lait certaines bactéries avec une activité probiotique. Le lait contient aussi des sucres qui ont une activité prébiotique favorable à la croissance de sa propre flore intestinale.
La colonisation bactérienne se déroule en deux étapes. Dans un premier temps, ce sont les bactéries aérobies qui vont se développer dans l’intestin (bactéries qui nécessitent de l’oxygène pour se développer). En consommant une très grande partie de l'oxygène présent dans l’intestin, elles favorisent ensuite l'implantation de bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence de ce gaz : les bactéries anaérobies. A l'âge adulte celle-ci représentent 75% de notre microbiote.
En quelques jours, le microbiote d’un nourrisson va se développer pour atteindre rapidement une population de bactéries comparable en volume à ce que l’on trouve chez un adulte. Le développement de ce microbiote est sous l’influence de plusieurs facteurs tels que la diversification alimentaire, le niveau d’hygiène, les traitements médicaux, l’environnement, tous susceptibles de modifier durablement la flore intestinale de l’hôte. Il faut attendre 3 ans après la naissance avant que la diversité et la complexité du microbiote intestinale se stabilisent.
Plusieurs travaux suggèrent que les premiers mois sont déterminants pour la construction de la symbiose hôte-microbiote.
Par exemple, ils s’avèrent que les enfants nés par césariennes ont un
risque légèrement accru de développer des infections précoces, des allergies,
et plus tard, des troubles métaboliques. Cela peut s’expliquer par le fait que
les bébés nés par voie basse ont été davantage colonisés par des microorganismes,
comparés aux bébés nés par césariennes, qui sont donc nés dans un milieu aseptisé.
D'autres études ont montrées qu’à l’âge adulte, des différences de composition du microbiote intestinal sont encore visibles entre les individus nés par voie basse et ceux nés par césarienne.
A l’âge adulte, la composition et le fonctionnement du la flore intestinale sont relativement stables, même si le système se régule en permanence et se rééquilibre en fonction de facteurs externes, tels que l’alimentation (composition en fibres, prébiotiques et probiotiques) ou les traitements antibiotiques.
Il y a environ 100 000 milliards de bactéries peuplant les intestins humains, pour environ 500 espèces bactériennes différentes !
Nous partageons plusieurs de ces espèces avec d’autres individus mais celles qui nous distinguent rendent notre microbiote intestinal unique. Bien que notre microbiote soit unique, des chercheurs sont parvenus à classer les microbiotes en trois groupes, qu’ils ont appelés entérotypes. Ils sont déterminés par l’abondance de trois types de bactéries qui y sont prédominantes : Bacteroides, Prevotella ou Ruminococcus. Le microbiote intestinal d’un adulte peut également évoluer en fonction des différents facteurs extérieurs rencontrés tout au long de sa vie.
L’homme symbiotique est t-il toujours un homme ?
Des milliers d’années de coévolution entre l’homme et les micro-organismes ont aboutit à la symbiose homme-microbiote que nous connaissons aujourd'hui. Cette symbiose est un mutualisme car l’interaction entre l’homme et le microbiote est à bénéfices réciproques : chacun tire de cette relation un ou plusieurs avantages. L’organisme de l’homme et notamment ses intestins constituent un lieu idéal pour le développement des bactéries, leur assurant protection et nutrition. Quant à elle, elles contribuent au bon fonctionnement de notre organisme. Elles sont en effet impliquées dans divers rôles tels que la fermentation de substrats disponible dans le colon, la protection contre des agents pathogènes, le développement et la régulation du système immunitaire… Ces fonctions sont approfondies dans un autre article. Au vu de ses nombreux rôles, certains chercheurs vont même jusqu’à définir le microbiote comme un organe à part entière.
Toutefois, sachant qu'il y a autant de cellules que de bactéries dans notre corps, qui sommes nous vraiment ?
Des bactéries, oui, mais pas seulement :
Notre intestin héberge des milliards de bactéries, mais ces micro-organismes ne sont pas les seuls : ils cohabitent avec des champignons, des virus, des archées et parfois des parasites. Même si les recherches sont actuellement tournées vers les bactéries, il ne faut pas négliger ces autres micro-organismes.
Les champignons : 2 à 3 % du nombre d’espèces de micro-organismes vivants dans nos intestins seraient des champignons. Une dizaine d’espèces représenteraient notre flore fongique.
Un déséquilibre de cette flore est similaire au dysfonctionnement de la flore bactérienne. Parmi ces espèces de champignons naturellement présentes dans notre microbiote, la plus connu est Candida albicans. En temps normal, ce champignon pathogène est présent en trop faible quantité pour qu'il puisse entrainer une quelconque maladie et est donc dans ce cas inoffensif. Or, parfois, cette espèce se développe considérablement au sein de notre microbiote et c'est à ce moment qu'il devient dangereux et qu'il peut entrainer l'apparition de maladies.
Candida albicans (Microscope optique x 700)
Les virus : La plupart des bactéries hébergent un voire plusieurs virus dans un état dormant. Ces virus sont appelés de bactériophages. Ils jouent un rôle dans le renouvellement et l'évolution des populations bactériennes. En limitant une trop importante colonisation de celles-ci, les virus permettent un contrôle de la flore bactérienne. Ils font donc l’objet de nombreuses études.
Un groupe de bactériophage (en vert) attaque une bactérie E. coli
Les archées : Les archées sont peu étudiés. Il manque donc de nombreuses données pour avoir la certitude de leurs rôles et leurs liens avec les autres catégories d’organismes au sein du microbiote. Ils en ont surement un mais rien n'a encore été démontré.
Comment expliquer l’apparition des maladies modernes ?
L’une des hypothèses pouvant expliquer l’augmentation croissante des maladies dites « modernes », que sont les intolérances et allergies, est la théorie hygiéniste. Le XXème siècle a été marqué par une nette augmentation de l’hygiène des populations occidentales. Cette amélioration a eu un impact très important sur l’environnement microbien qui a perdu de sa richesse et sa densité. Cela a donc pu impacter le microbiote des hommes, qui a lui aussi pu être affaibli. Cela a également eu une grande importance lors de la mise en place du système immunitaire notamment chez le nourrisson. En effet, notre corps étant moins habitué aux contacts avec ce types d'organismes et donc plus faible et moins réactif lorsqu'il se retrouve agressé (cf partie sur la mise en place du microbiote chez le nourrisson en début de page). L'apparition massive de ces maladies nous obligent donc à revenir à une vision du monde un peu moins germophobe, sans bien évidemment nier la nécessité de lutter contre les maladies infectieuses. Bien sûr il ne faut pas oublier que les facteurs environnementaux et génétiques ont également leur importance.
Il est important de préciser que ce ne sont pas directement les bactéries qui entrainent ce type de maladies mais plutôt les produits microbiens fabriqués par ces dernières, au niveau intestinal.
Le microbiote, la médecine de demain :
Le microbiote intestinal joue un rôle prépondérant dans le développement de certaines maladies. Il provoque des maladies, mais la question est : peut-il aussi les guérir ?
Toute la question réside dans le fait de savoir si on peut intervenir pour restaurer des microbiotes, en éliminant certains organismes dételèrent et en réintroduisant d’autres micro-organismes, afin de corriger les symptômes chez le patient.
Actuellement, le seul moyen de le faire est la transplantation de matière fécale nettoyée, d'un individu sain chez un individu atteint d'une dysbiose intestinale. Cette greffe de selle n'est pas fréquemment utilisé car elle pose des questions. En effet, une flore intestinale bonne pour un individu est-elle nécessairement bonne pour un autre ? Cette question est controversée car le développement du microbiote est intrinsèquement lié à l’hôte : le microbiote reste très personnel.
Il est possible d'imaginer une autre méthode qui serait d’agir directement sur les bactéries responsables de la maladie, soit en la réintroduisant si l’origine de la maladie est dû à l’absence de la bactérie, soit en l’éliminant si la maladie est dû à la présence de la bactérie. Cette méthode ne fait l'objet d'aucune étude fiable mais il est tout de même possible d'y songer un jour.
Il n'en reste pas moins que le microbiote intestinal est un sujet sur lequel les recherches sont relativement récentes et qui est donc mal connu. Il est donc légitime de se demander si ce microbiote intestinal sera un facteur pris en compte dans le futur lorsqu’on parlera de santé.